A mediados del s. XVI, todavía la ciudadanía seguía encontrando en la Torre una cantera inagotable de piedra para las nuevas construcciones que se estaban realizando en la ciudad. Una y otra vez, el Ayuntamiento, como propietario del faro, prohíbe la extracción de material, pero con escaso éxito. Asimismo, impulsa una serie de obras de consolidación y mejora del edificio, como la compra de madera en 1537 y 1562 para construir una escalera interior que permitiera acceder a través de las cámaras a la linterna del faro ya que la rampa exterior había desaparecido.

Durante esta fase de recuperación, es posible que se volviera a poner en funcionamiento el faro porque el tráfico marítimo se intensificó de forma significativa por el comercio peninsular e internacional con Europa y América, y A Coruña se convirtió entonces en un puerto estratégico del Atlántico, debido a su privilegiada posición, al fondo de una amplia ría y al amparo de las tempestades del océano, pero con la dificultad añadida de contar con un acceso estrecho que hacía muy compleja la maniobra de entrada en el puerto para aquellos navegantes que no conocieran este tramo de costa. Dadas estas circunstancias, parece obvio que el Ayuntamiento cuando inicia las tímidas mejoras de la Torre esté pensando en recuperar para el uso marítimo el viejo faro, que serviría de baliza, de atalaya, pero también de señal marítima, retomando su vieja función. De hecho, en la cartografía de la época se incorpora la imagen del faro y en las cartas náuticas de Inglaterra, potencial enemigo de España, aparece la referencia a la Torre.

En 1684, el duque de Uceda, gobernador y capitán general del Reino de Galicia, ordena la construcción de una escalera interior de madera y de un pequeño balcón en la parte superior. Por esta misma época los cónsules de Inglaterra, Holanda y Flandes proponen la construcción de dos pequeñas torretas de piedra para soportar sendas farolas alimentadas con aceite. Así, paulatinamente, la Torre va recuperando su función primitiva, al tiempo que se restablece el tráfico comercial en la zona. El duque autoriza la obra y la encarga al arquitecto coruñés Amaro Antúnez. Esta obra y el mantenimiento de las farolas se sufragan a través de una tasa de nueva creación, que debían pagar los barcos que arribasen a los puertos gallegos.