Fue una época de olvido y de abandono, durante la cual el faro se fue deteriorando gravemente y la rampa exterior que rodeaba el núcleo central y permitía el acceso a la linterna, así como las cuatro fachadas exteriores que la protegían, se arruinaron. Los vientos, el salitre y las lluvias que afectan a esta zona durante los temporales del invierno fueron dañando los morteros de los muros, pero también la acción del hombre fue determinante porque durante esta época la Torre se convirtió en la cantera de la ciudad y los bloques de piedra que formaban la rampa y su estructura fueron extraídos uno a uno por los habitantes de la zona para ser reutilizados en la construcción de los nuevos edificios que se estaban levantando por entonces en la ciudad.

La destrucción de la rampa ascendente que recorría el exterior de la Torre de Hércules, de la que apenas quedaban restos a la altura del siglo XIV, significó la desaparición de la única vía de acceso a la parte superior de la construcción y a las diferentes cámaras que se localizan en su alzado.

Cuando la Torre recuperó su función como señal marítima, fue necesario habilitar un sistema para acceder a la parte alta que permitiera alimentar el faro. La solución adoptada fue la construcción de una escalera interior que comunicara la base de la Torre con la linterna, aunque para ello hubiera que perforar algunas de las bóvedas romanas. Esta escalera rudimentaria fue sustituida durante la rehabilitación del siglo XVIII por la actual y robusta escalera de piedra.

Para colocar el nuevo sistema de iluminación marítima era necesario introducir algunos cambios en el cuerpo de remate de la Torre. Miguel de Hermosilla, el ingeniero comandante del reino, solicitó los servicios de Eustaquio Giannini para que introdujera las reformas pertinentes en el cuerpo de remate. Básicamente esas modificaciones consistieron en desmontar la cúpula y asentar sobre esos muros la base para un fanal de 3,20 m. de diámetro.

Los grandes ventanales de la linterna, carentes ahora de función, se tapiaron y se construyó una escalera interior para acceder a la lámpara y otra de caracol exterior, que desemboca en el balcón superior y que queda oculta bajo un cilindro con remate troncocónico que le dio el característico perfil a la Torre y que sirvió para colocar el pararrayos.

Esta se conserva en la plataforma que sirve de base al monumento, protegida por una pequeña construcción de principios del siglo XIX. 

La inscripción que ha sido transcrita por diversos autores reza:

• MARTI /
• AUG[USTO] SACR[UM] /
• C[AIUS] SEVIUS /
• LUPUS /
• ARCHITECTUS /
• AEMINIENSIS /
• LUSITANUS EX VO[TO]

Es decir, "Consagrado a Marte Augusto. Gayo Sevio Lupo, arquitecto de Aeminium (Coimbra) Lusitano en cumplimiento de una promesa".

Por otra parte, sobre uno de los pilares de la planta más alta de la Torre, Eustaquio Giannini, responsable de la rehabilitación del siglo XVIII, dejó constancia de su intervención en una inscripción que rezaba: "DIRIXIÓ ESTA OBRA EL THENIENTE DE NAVÍO INGO ORDINARIO DE MARINA D. EUSTAQUIO GIANNINI". Resulta significativo que el ingeniero quisiera que se recordara su nombre y que recurriera para ello a una solución similar a la adoptada por el arquitecto Gayo Sevio Lupo, cuando dispuso su inscripción conmemorativa a los pies de la Torre.

La Torre de Hércules ha tenido diferentes nombres a lo largo de su historia. En época romana se la conocía como Farum Brigantium, en época medieval como el Faro o Castillo Viejo y en la Edad Moderna como Torre de Hércules. Esta denominación se basa en la leyenda que recogió el rey Alfonso X el Sabio en su Historia de España (s. XII) en la que vincula la construcción de la Torre con la victoria del héroe Hércules sobre el gigante Gerión.