A través del recorrido por el museo, además de conocer de primera mano la vida de la heroína coruñesa, se ofrece un repaso de la realidad histórica de los siglos XVI y XVII en A Coruña.

Planta baja: Recreación de la casa de María Pita, la vieja: en esta sala podemos contemplar la reconstrucción de dos de las estancias de la vivienda, la tienda que se encontraba en el bajo y el dormitorio principal, así como una breve descripción de las vivencias de María Pita.

Sala 1: El Reino de Galicia en los siglos XVI-XVII: esta sala tiene carácter introductorio, pensado para ofrecer al visitante una serie de informaciones básicas sobre la situación de Galicia en los siglos XVI y XVII y algunos de los cambios experimentados en ese tiempo.

Sala 2: La morfología urbana de A Coruña en los siglos XVI y XVII : en esta sala se describe la distribución urbana, económica y social de la ciudad en aquella época.

Sala 3: El enfrentamiento hispano-inglés: esta sala analiza las relaciones entre España e Inglaterra y los factores que acabaron desembocando en el ataque a la ciudad de A Coruña en 1589.

El Museo acoge también exposiciones temporales.