A mediados do s. XVI, aínda a cidadanía seguía atopando na Torre unha canteira inesgotable de pedra para as novas construcións que se estaban realizando na cidade. Unha e outra vez, o Concello, como propietario do faro, prohibe a extracción de material, pero con escaso éxito. Ademais, impulsa unha serie de obras de consolidación e mellora do edificio, como a compra de madeira en 1537 e 1562 para construír unha escaleira interior que permitise acceder a través das cámaras á lanterna do faro xa que a rampla exterior desaparecera

Durante esta fase de recuperación, é posible que se volvese poñer en funcionamento o faro, porque o tráfico marítimo intensificouse de forma significativa polo comercio peninsular e internacional con Europa e América, e A Coruña converteuse entón nun porto estratéxico do Atlántico, debido á súa privilexiada posición, ao fondo dunha ampla ría e ao amparo das tempestades do océano, mais coa dificultade engadida de contar cun acceso estreito que facía moi complexa a manobra de entrada no porto para aqueles navegantes que non coñecesen este tramo de costa. Tendo en conta estas circunstancias, parece obvio que o Concello cando inicia as tímidas melloras da Torre estea a pensar en recuperar para o uso marítimo o vello faro, que serviría de baliza, de atalaia, pero tamén de sinal marítimo, retomando a súa vella función. De feito, na cartografía da época incorpórase a imaxe do faro e nas cartas náuticas de Inglaterra, potencial inimigo de España, aparece a referencia á Torre.

En 1684, o duque de Uceda, gobernador e capitán xeral do Reino de Galicia, ordena a construción dunha escaleira interior de madeira e dun pequeno balcón na parte superior. Por esta mesma época os cónsules de Inglaterra, Holanda e Flandes propoñen a construción de dúas pequenas torres de pedra para soportar dous farois alimentados con aceite. Así, paulatinamente, a Torre vai recuperando a súa función primitiva, á vez que se restablece o tráfico comercial na zona. O duque autoriza a obra e lla encarga ao arquitecto coruñés Amaro Antúnez. Esta obra e o mantemento dos farois sufráganse a través dunha taxa de nova creación, que debían pagar os barcos que arribasen aos portos galegos.